由于抗生素的广泛应用，耐药菌给临床诊断与治疗带来了巨大挑战，部分“超级细菌”的耐药程度更是达到了巅峰，出现“无药可用”绝境场面。随着高通量测序技术的广泛应用，以高通量测序技术中的宏基因组测序技术（mNGS）为主的研究技术，在感染性疾病的病原微生物检测方面，也得到了前所未有的应用。以其检测通量高、检测范围全面、检测周期稳定、可发现新的病原体等优势，为临床病原微生物的检测技术的带来了新的希望。
mNGS检测技术在病原微生物检出方面具有显著优势，那么该技术在检测病原体种类的同时，是否可以同时将细菌的耐药性检测出来呢？
细菌耐药机制
首先，我们先回顾一下细菌的耐药性机理。当长期应用抗生素时，占多数的敏感菌株不断被杀灭，而耐药菌株反而得以大量繁殖。当敏感株被耐药株替代时，细菌的耐药率显著升高。
目前了解细菌的主要的耐药机制包括：
产生灭活酶
改变药物靶点
改变细胞膜的通透性
改变细胞代谢方式
其次，我们还得回顾一下基因信息流-中心法则（图1），细菌遗传物质（DNA）的改变会引起其基因表达出的mRNA序列发生改变，从而改变其翻译出的蛋白质的序列或者影响蛋白质的后期加工。最终导致细菌蛋白质的功能和数量上发生变化，从而调控其对药物的敏感性。
图1-中心法则
mNGS测序技术原理
mNGS技术的基本原理是使用鸟枪法-随机打断测序以获取生物细胞基因组中的目的基因（图2)，其具有速度快、简单易行、成本较低的特点，所以从技术理论上来说，mNGS测序可以进行细菌耐药基因的检测。
图2鸟枪法测序原理
mNGS测序技术到底能否用于临床上的细菌耐药基因检测呢？
其实还有很多现实的问题没有解决，具体如下：
1测序数据中宿主-人的序列太多了
在临床样本中，人和病原体细胞同时存在，也就意味着测序获得的数据将同时存在着人与病原体的基因组信息。人的细胞数目和基因组DNA大小均比病原体占据优势，而mNGS技术是鸟枪法检测技术，所以测序数据中样本中很多的人的基因组序列，而细菌的序列偏少，细菌的基因组覆盖度不够，这样将会影响细菌基因组上的耐药基因的检测效率。
2细菌基因组上有耐药基因，但耐药基因不一定会表达
mNGS技术是从基因组DNA的角度进行耐药基因的检测，那么基因组上有耐药基因，这个基因就一定表达了吗？我们需要打一个问号，有耐药基因≠耐药基因会表达出来。细菌的耐药性是蛋白层面表现，即表达层面的表型，所以基因组上的耐药基因与耐药表型不能画等号。
3细菌基因组上的耐药基因的多少与临床耐药性的相关性难明确
细菌基因组上存在耐药基因数目如何定量，并与临床建立联系呢？我们并不能简单认为耐药基因的拷贝数越多，耐药性就越强。目前没有相关的数据信息告诉我们二者之间的关联性。
4检测到了耐药基因，但无法确定具体是来自哪一个细菌的
由于宏基因组检测技术将会对标本中病原体的基因统一检出，当病原体基因组序列存在同源性时，就无法很好地分辨该耐药基因的来源了。
5细菌耐药性存在多基因控制模式
细菌耐药性可由单一基因或多基因控制，但由于无法确认耐药基因来源进而建立多基因联系，因此对多基因控制导致的耐药仍难以确认。另外，多基因与耐药的量化
可能存在单一基因控制或多基因控制的，那么有没有数据告诉我们这个信息呢？没有。同时如果是多基因控制模式，那么这些基因之间是如何量化控制细菌耐药性的呢，我们也不清楚。
6检测到的耐药基因可能已“死”
由于mNGS检测本质是对病原体核酸进行检测，也就是说，已死亡的病原体同样能被检测出来。因此，如果无法分辨检出的核酸是否来自活动性病原体，便无法确认所检出的耐药基因药物敏感性之间的关系。
7检测到的耐药基因可能来自于定植菌
与上一点相类似，对人体无害的定植菌的核酸同样会被检测得到，而这些定植菌的基因组也同样可能包含耐药基因，而被检出。因此，如果脱离致病性谈病原体的耐药性，并不符合药敏检测的初衷。
8耐药基因检测与临床快速检测需求之间的矛盾
mNGS技术由于通过随机打断测序的方式，随机获得生物基因组中的基因序列，其获取基因片段的多少与测序数据量有关。同一个样本的测序数据量越大，随机获得基因组上的基因理论上也越多，基因组的覆盖度就越全面。而样本测序数据量越大，对后续生物信息分析的时间与资源要求也越多，同时实验和分析的成本也越高。因此，对耐药基因进行深度探究，并不能满足mNGS技术作为一种快速的病原体检测的时效性要求。
综合以上信息，我们发现mNGS测序技术在细菌耐药性检测方面只能说理论上可行，但是实际仍有诸多问题有待解决，所以暂时未能应用到临床中进行细菌耐药性高低的检测。
那么mNGS测序技术对细菌耐药性的检测与控制没有任何用处了吗？其实也不然，虽然在临床应用中还存在很多的问题而暂时不能很好的使用，但是耐药基因依然是国内外的一个重要的科研话题，比如探讨样本中的耐药基因的检测情况，优化检测方法，探讨样本中耐药基因来源或数量与临床耐药表型的相关性......
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识
继年由中华医学会发表的《医院获得性肺炎与呼吸机相关性肺炎诊断和治疗指南(年版)》首次介绍宏基因组学高通量测序在临床感染检测诊断中具有优势后，近日，由五十余名国内重症专家组成的专家小组于《中华急诊医学杂志》中联合发表了《宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识》，围绕着宏基因组检测在临床上，尤其是危重症感染的应用作了进一步深入的探讨。这一发表再次证明了宏基因组（mNGS）微生物检测技术已在临床上广泛开展并受到了重视与认可，成为了急危重症感染快速、精准治疗的发展方向。
在专家共识中，专家们除了对mNGS技术在急危重感染中诊断应用中的作用作了肯定外还分享了mNGS应用中的适应症、检测流程及临床解读。
01
适应症
专家们列举和推荐了mNGS在急危重症感染患者中应用的主要适应症。同时指出，符合以下适应症者，应尽快采集标本进行检测：
病情危重需要尽快明确病原体；
特殊病人如免疫抑制宿主、合并基础疾病、反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体；
传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳；
疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性；
疑似特殊病原体感染；
长期发热和/或伴有其他临床症状、病因不明的感染。
02
检测的基本流程和质控
实验流程包括：样本采集、样本处理、提取核酸、文库制备及上机测序、内参及对照品。
生物信息分析：质量控制、数据过滤、序列比对、报告生成。
检测报告包括：检测病原微生物列表、检出病原序列数量、所检测病原范围、检测方法及检测技术说明；同时对相关专业术语进行解释说明，并注明检测方法的局限性、检测灵敏度和特异性等。
mNGS检测报告和临床解读常用概念：检出序列数（reads）、深度、离散度、基因组覆盖度和微生物丰度。
03
临床应用和结果解读原则
mNGS不能完全取代常规的检测技术，与传统方法联合使用可提高病原体诊断的敏感性和特异性。
mNGS报告中检出序列数较高、基因覆盖度高，表示检测到该微生物；在排除背景菌污染和定植菌的情况下，可以考虑该微生物是致病病原体。
mNGS对胞内菌和厚壁微生物检出率低。
mNGS信息量大，在报告中未能列举全部病原体，如果临床有疑似特殊病原体感染，可以追溯到原始数据库进行查询。
RNA检测要求条件较高。
对于严重感染、生命体征不稳定患者，在病原体不明确的情况下进行广谱抗菌药物治疗，一旦mNGS或者传统病原学获得致病病原体后，针对病原体进行精准治疗。
mNGS可以早期发现病原体，指导抗菌药物的精准选择。
当前的mNGS尚不能完全指导耐药菌感染药物的选择。
04
尚存在问题
背景菌：应结合报告和辅助检查判断；
胞内菌/真菌检出率低；
RNA病原体的检测需优化；
耐药检测还存在一定困难。
分享原文如下：
中国腹腔感染诊治指南（版）
中华医学会外科学分会外科感染与重症医学学组
中国医师协会外科医师分会肠瘘外科医师专业委员会
中国实用外科杂志,,40(1):1-16
Chineseguidelineforthediagnosisandmanagementofintra-abdominalinfection(edition)ChineseSocietyofSurgicalInfectionandIntensiveCare,ChineseSocietyofSurgery,ChineseMedicalAssociation;ChineseCollegeofGastrointestinalFistulaSurgeons,ChineseCollegeofSurgeons,ChineseMedicalDoctorAssociation
Correspondingauthor:RENJian-an,E-mail:jiananr
nju.edu.cn
Keywordsintra-abdominalinfection;surgery;sourcecontrol;antimicrobialtherapy;diagnosis;nutritiontherapy
腹腔感染；手术；感染源控制；抗菌治疗；诊断；营养治疗
腹腔感染（intra-abdominalinfection，IAI）是腹部外科常见病，可继发于消化道的穿孔、坏死与坏疽，如胃十二指肠消化性溃疡穿孔、胃肠道肿瘤因梗阻和放化疗合并的穿孔；化脓性阑尾炎与阑尾穿孔、肠梗阻与肠坏死也会引起IAI。IAI也是腹部外科手术的常见并发症［1］，如胃肠道肿瘤手术后并发的肠外瘘。作为住院病人中第二高发的感染性疾病［2］，IAI病人的病死率可达20%，严重影响公共卫生安全。
本指南的研究对象为年龄18周岁及以上的成人IAI病人，儿童病人不在本指南涉及范围内。将成人IAI分为社区获得性腹腔感染（
